1991年，海洋所张福绥研究员主持完成的“海湾扇贝工厂化育苗及养殖技术”成果获得1990年度国家科技进步一等奖。 

2002年2月28日，2001年度国家科学技术奖励大会在北京召开，海洋所侯保荣主持完成的“钢铁设施在海洋环境中的腐蚀及其防腐技术”获国家科技进步二等奖。  

2006年1月9日，2005年度国家科学技术奖励大会在北京召开，海洋所相建海研究员主持完成的“主要海水养殖动物多倍体育种育苗和性控技术”成果获得国家技术发明二等奖。 

2008年1月8日，2007年度国家科学技术奖励大会在北京召开，海洋所张国范研究员主持完成的“皱纹盘鲍杂交育种技术及其养殖工艺体系”成果获得国家科技进步奖二等奖。 

2009年1月9日，2008年度国家科学技术奖励大会在北京召开，海洋所张伟权、张乃禹研究员等完成的“凡纳滨对虾引种、育苗、养殖技术研究与应用”获得国家科技进步奖二等奖。 

2010年1月11日，2009年度国家科学技术奖励大会在北京召开，海洋所张国范研究员主持完成的“菲律宾蛤仔健康苗种培育和高效养殖技术”获得国家科技进步二等奖。 

2019年1月10日，2018年度国家科学技术奖励大会在北京召开，海洋所推荐的中科院爱因斯坦讲席教授彼得·乔治·布鲁尔获得中华人民共和国国际科学技术合作奖。