2006年1月20日，曾呈奎院士纪念展室揭牌仪式在中国科学院海洋研究所举行。

2009年1月20日，“金星二号”考察船退役。该船1974年12月由上海求新造船厂建造，1982年由渤海石油公司划拨到中国科学院海洋研究所作为国际航线科学考察船，多次参与国家重大海上科研调查项目，航程数十万海里，为我国海洋调查工作作出了重要贡献。