2006年6月8日，海洋所将“海洋环流与浅海动力过程开放研究室”更名为“海洋环流与波动重点实验室”，王凡任主任，尹宝树任副主任。“海洋地质过程与古环境开放研究室”更名为“地质与环境重点实验室”，李铁刚任主任，阎军、吴时国、曾志刚任副主任。