2006年3月2日，中国科学院海洋研究所新增“海洋生态学”博士学位授权点。

2018年3月2日，“创新二”号从海洋所薛家岛码头起航，执行首航任务--国家自然科学基金2018年度“长江口科学考察实验研究”共享航次。