2006年5月15日，中国科学院海洋研究所海洋环流与波动实验室、中国科学院海洋研究所海洋地质与古环境实验室被批准为中国科学院重点实验室，分别更名为“中国科学院海洋环流与波动重点实验室”和“中国科学院海洋地质与环境重点实验室”。

2008年5月15日，全国人大副委员长、中国科学院院长路甬祥一行到海洋所进行调研并题词“发展生态养殖，促进海洋资源可持续发展”赠与海洋所。