海洋所绘制完成菊黄东方鲀基因组草图

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时间:2014-08-05  来源:文本大小:【 |  | 】  【打印

  近日,中国科学院海洋研究所宋林生研究员研究团队绘制完成菊黄东方鲀基因组草图。 

  菊黄东方鲀俗称满天星(图A),隶属鲀形目、东方鲀科,在亚洲有着悠久的食用历史和极高的经济价值,也是我国重要的河鲀养殖品种之一。科研人员依托中科院海洋所自主构建的海洋生物基因资源平台和超算平台独立完成了菊黄东方鲀(Takifugu flavidus)全基因组的测序、拼装及分析,利用SOLiD 4第二代高通量测序仪测序得到总长度76.0 Gb的序列,并创新性地采用辅助拼接策略拼接获得scaffolds 50,947条(scaffold N50305,741 bp)。研究发现菊黄东方鲀基因组在GC含量和重复序列等多方面与红鳍东方鲀基因组相似,菊黄东方鲀基因组中共有30,285个蛋白编码基因,蛋白平均长度为519.9个氨基酸,获得51,990GO注释信息(图B~D),117 KEGG通路信息和270,803InterPro注释信息。 

  该项研究积累了东方鲀属鱼类的遗传背景资料,为深度发掘海洋动物功能基因、开展蛋白功能的高效验证分析奠定了基础。相关研究结果在DNA Research发表(全文链接http://dnaresearch.oxfordjournals.org/content/early/2014/07/22/dnares.dsu025.long )。 

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