海洋所发表脉红螺高质量染色体水平参考基因组

  近日,中国科学院海洋研究所在贝类基因组学研究方面取得新进展,发布了我国重要经济贝类——脉红螺的高质量染色体水平参考基因组,相关研究成果发表在国际数据集期刊Scientific DataQ1IF=9.8)。 

  脉红螺俗称海螺,在我国渤海、黄海和东海均有分布,是我国北方海洋牧场实现资源自我恢复的典型代表,已成为北方海洋牧场的重要经济物种。目前,我国脉红螺的供应绝大部分依赖采捕野生资源,但由于近年来脉红螺价格不断提高,采捕强度越来越大,野生资源存在衰退风险。从上世纪90年代开始,我国开始尝试进行脉红螺人工育苗,但出苗效率极低,远未实现产业化规模,严重影响了脉红螺增养殖业的发展。 

  中国科学院海洋研究所经过多年技术攻关,解决了亲螺性腺促熟、幼虫高效稳定培育、高效采苗和苗种规模化高效中间培育等关键技术,建立了比较完善的脉红螺规模化高效苗种繁育技术,初步实现了脉红螺苗种规模化高效培养和产业化。 

  此次,团队通过Illumina短读序、PacBio长读序以及Hi-C技术对脉红螺基因组进行了深度测序,得到了高质量的染色体水平参考基因组。该基因组具有较高的杂合度(1.41%)和重复序列比例(57.72%),是较为复杂的水生动物基因组之一。组装完成的基因组大小为2.30Gbscaffold N50长度为64.63Mb,包含35条染色体,编码29,649条蛋白序列。该基因组的发布将有助于脉红螺性状解析和良种选育工作,为产业发展提供重要支撑。 

   

脉红螺染色体水平基因组(自Song et al., Scientific Data, 2023

  中国科学院海洋研究所副研究员宋浩、硕士生李卓卿、博士后杨美洁、博士生石璞为论文的第一作者,张涛研究员为论文通讯作者。本研究得到了国家自然科学基金、国家贝类产业技术体系、中国科协青年托举人才工程、中国科学院青年创新促进会等项目资助。 

    

  论文链接Hao Song#, Zhuoqing Li#, Meijie Yang#, Pu Shi#, Zhenglin Yu, Zhi Hu, Cong Zhou, Pengpeng Hu & Tao Zhang*, 2023. Chromosome-level genome assembly of the caenogastropod snail Rapana venosa. Scientific Data, 10: 539. DOI: https://doi.org/10.1038/s41597-023-02459-7. 


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