古镇口园区：

海洋所古镇口园区位于青岛市西海岸新区海军路88号，定位于海洋系统多圈层过程与环境安全创新园区，将建设成为抢占海洋环境安全和深海战略资源科技制高点的核心力量。

南海路园区：

海洋所南海路园区位于青岛市市南区南海路7号，定位于海洋生物资源保护和开发创新高地，以及集展览展示、科学实践、研学探究为一体的海洋科普示范基地。

科考船码头基地：

海洋所科考船码头基地位于青岛市西海岸新区长江东路8号，作为海洋科学考察船岸基支撑平台，为“科学”号、“科学三号”、“创新二号”等科考船提供码头靠泊、船载实验设备测试维保、大型海洋调查装备堆场、船舶管理运行等支撑保障。