近日，中国科学院海洋研究所在海洋鱼类基因组学研究方面取得新进展，发布了长江口重要洄游性鱼类——小眼绿鳍鱼的高质量染色体水平参考基因组，相关研究成果发表在Nature旗下的数据集期刊Scientific Data （Q1，5-IF = 10.8）。 

小眼绿鳍鱼标本照

　　小眼绿鳍鱼（Chelidonichthys spinosus），俗称绿鳍鱼，隶属于鲉形目，鲂鮄科。主要分布在黄海、东海、南海以及韩国和日本的沿海海域，属于典型的洄游性鱼类，秋末冬初向外海进行越冬洄游，春季向近岸进行产卵洄游。因其独特的形态特征而备受关注，它拥有雪白的腹部和红褐色的身体，鳃下有一对色彩斑斓、闪烁着绿色荧光的“蝴蝶翅膀”，其下有三对类似芭蕾舞者的“足”，这实际上是六个独立的胸鳍，它们非常灵活，并含有助于觅食的“味蕾”。这些独特的形态特征与其生态习性密切相关。 

　　为探究小眼绿鳍鱼特殊形态特征和生态适应的进化机制，研究团队通过Illumina 短读序、PacBio长读序以及Hi-C技术对其基因组进行了深度测序，并得到了高质量的染色体水平参考基因组。研究结果表明小眼绿鳍鱼的基因组大小约为624.7Mb，contig N50的长度约为13.77Mb，scaffold N50的长度约为28.11Mb。初始组装的序列中有99.29%成功锚定到24条染色体上，基因组中包含35.96%的重复序列和8,235个非编码RNA。预测到总共25,358个蛋白编码基因，其中24,072个基因（94.93%）具有功能注释。共线性分析显示小眼绿鳍鱼与圆鳍鱼（Cyclopterus lumpus）存在显著的共线性，这表明两者之间可能存在非常密切的系统发育关系。 

小眼绿鳍鱼的基因组特征 (a) Hi-C组装染色体交互热图；(b) 基因组Circos图

小眼绿鳍鱼基因组中基因元素的组成与其它物种的比较

 (a) 编码长度分布的比较；(b) 基因长度分布的比较；(c) 内含子长度分布的比较；(d) 外显子长度分布的比较

　　这些组装的基因组序列可以为揭示小眼绿鳍鱼的遗传适应性和潜在的分子基础提供宝贵的信息，进而用于建立更有效的管理和保护策略。此外，这些基因组数据还可以用于未来的比较基因组学和系统发育学研究，从而揭示鲉形目和其它硬骨类鱼类及脊椎动物的基因组演化和系统发育关系。 

　　论文第一作者为中国科学院海洋研究所博士研究生王一邦，通讯作者为张辉研究员和线薇薇研究员，作者还有日本东京大学岩崎涉教授。本研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、中国科学院青年创新促进会等项目支持。 

　　文章信息： 

　　Wang, Y., Zhang, H., Xian, W. Iwasaki W. Chromosome genome assembly and annotation of the spiny red gurnard (Chelidonichthys spinosus). Scientific Data, 10, 443 (2023). https://doi.org/10.1038/s41597-023-02357-y.