船舶
　　中国科学院海洋所拥有科学考察船三艘：“科学一号”轮、“科学三号”轮、“创新”轮。由科学考察船队全面负责管理海洋研究所所属科学考察船的运行管理、安全保障、船舶维修检验、船舶管理人员配备培训、考察设备维护管理等具体业务工作。
　　 “科学一号”轮是一艘以海洋地质和地球物理调查为主，兼作综合性海洋调查的洋科学考察船，1980年建于上海沪东造船厂。该船入CCS船级，总长104米、吃水4.9米，排水量3324吨，主机功率7760千瓦。该轮配备有10个实验室，配备先进的调查仪器，可在近海和远洋进行地质、地球物理、物理海洋、气象、化学、生物和环境保护等综合性研究。
　　“科学三号”轮是我国新千年建造的第一艘海洋科学综合考察船，主要承担我国近海综合性科学考察。该船总长73.9米，型宽10.2米，型深4.6米，满载排水量1224吨，由国营武昌造船厂建造，于2006年2月2日下水，7月28日交付使用。投入使用以来，多次执行开放共享航次。
　　“创新”轮科学考察船，江苏红胜造船厂建造。2006年9月份投入使用。主要承担“山东胶州湾海洋生态系统国家野外研究站”海上调查工作。

仪器
　　中国科学院海洋研究所自1950年8月成立以来，一直非常重视科研平台能力建设。经过近60年的努力，目前海洋研究所拥有一大批先进的海洋观测和室内分析测试设备。截至2008年底，全所科研装备超过7000台（套），总价值1.6亿元人民币，其中专用设备2600余台（套），价值1.2亿元人民币；通用设备超过4000台（套），价值4500万元人民币。其中海洋观测设备1600余台（套），价值1.2亿元人民币；室内分析测试设备1000多台（套），价值6600万元人民币。其中大型共用分析检测设备主要集中在海洋研究所技术支撑平台——分析测试中心。
　　海洋研究所分析检测设备仪器实行集中+网络式管理，公用型大型设备集中在分析测试中心，专用型分布在各个重点实验室，由分析测试中心统一负责管理工作，主要承担生态环境、海洋地质、生物技术等方面的分析检测以及相关研究任务。同时与2008年8月成立的中国科学院海洋科学大型仪器区域中心管理委员会办公室合署办公，为我院及相关单位提供仪器设备、技术支持和样品分析，满足我院及其它相关单位海洋科学技术发展的需要。